Beckenbauer’ın teknik direktörlük kariyeri, hem kulüp hem de milli takım düzeyinde büyük başarılarla şekillenmiştir. Oyun vizyonu, liderliği ve taktiksel esnekliği, onu 1980’lerin ve 1990’ların en etkili futbol figürlerinden biri hâline getirmiştir.Beckenbauer,1984 yılında Almanya Millî Takımı’nın başına getirildi. Kariyerindeki bu döneme resmi bir lisans eğitimi almadan başlaması dikkat çekiciydi; ancak futbol bilgisi ve doğal liderliği bu eksikliği fazlasıyla telafi etti.1986 Dünya Kupası Beckenbauer’ın ilk büyük turnuvasıydı. Takımı finalde Maradona’lı Arjantin’e karşı sahaya çıktı ve kupayı kıl payı kaçırdı. Bu, genç teknik adam için hem bir tecrübe hem de geleceğe dair umut verici bir işaretti.Dört yıl sonra 1990 Dünya Kupası’nda Almanya sahaya çok daha olgun bir kimlikle çıktı. Beckenbauer’ın modern prensiplerle kurguladığı takım, finalde bu kez Arjantin’i mağlup etti ve dünya şampiyonu oldu.Beckenbauer’ın teknik direktörlük kariyerindeki bir diğer önemli bölüm ise Bayern Münih’ti.1996 yılında UEFA Kupası’nı kazanan Bayern’in saha kenarındaki lideri yine Beckenbauer’dı. Bu başarı, kulüpteki teknik adamlık kariyerinin en önemli noktalarından biri kabul edilir.Dünya Kupası zaferi, Bayern Münih’e kazandırdığı uluslararası kupalar ve geliştirdiği modern futbol anlayışı, onu tarih boyunca hem saha içinde hem saha kenarında eşine az rastlanır bir figür yapmıştır.”Der Kaiserhem”oyuncu hem de teknik adam olarak futbola bıraktığı mirasla hâlâ saygıyla anılmaktadır.