Futbolculuk kariyerine Çanakkale Dardanelspor'da başladı ve sırasıyla Manisaspor, Trabzonspor ve Galatasaray forması giydi.Selçuk inan 2006 yılında ilk kez Süper lig’de forma giydi.Devre arasında Galatasaray'dan da teklif alan Selçuk, daha az forma şansı bulabileceği için Galatasarayı tercih etmedi ve Manisaspor ile 4,5 yıllık sözleşme imzaladı.Selçuk İnan, Manisaspor'un kümeye düşmesinin ardından 31 Mayıs 2008 tarihinde 2.000.000 € bonservis bedeli ile eski teknik direktörü Ersun Yanal'ın başında olduğu Trabzonspor'la 3 yıllık sözleşme imzaladı.Başarılı futbolcu bordo mavili takımdaki ilk sezonunda 32 maçta forma giyip 3 gol attı.Selçuk İnan, 2009-10 sezonunda İlk kez bir kupa sevinci yaşadığı Türkiye Kupası'ndaki tüm karşılaşmalarda forma giydi.Sezon boyunca 28 maça çıkıp 2 gol kaydeden başarılı orta saha oyuncusu,2011-12 sezonundan itibaren geçerli olmak kaydıyla Galatasaray ile 5 yıllık sözleşme imzaladı.Teknik direktör Fatih Terim yönetimindeki sarı-kırmızılılarda gösterdiği performansla Türk futbol tarihine geçen futbolculardan biri oldu. Süper Final oynanan ilk sezonunda 39 lig karşılaşmasına çıkan Selçuk, attığı 13 golle kariyerinin en iyi sezonunu geçirdi.Selçuk, Galatasaray'da geçirdiği 9 sezonda 246 lig maçında forma giyip, 45 gole imza attı. UEFA Şampiyonlar Ligi'nde bir kez çeyrek final, bir kez de son 16 turuna yükselme başarısı gösteren takımın önemli parçası olan tecrübeli orta saha oyuncusu, bu kulvarda 34 müsabakada görev aldı ve 3 kez gol sevinci yaşadı.