Emre 1 yıl altyapıda oynadıktan sonra 1995 yılında Galatasaray A takımına yükseldi.1997-98 sezonundan itibaren sezonda düzenli olarak forma giymeye başladı. İkinci sezonunda 23 lig maçında görev aldı ve bu maçlarda 2 gol attı.Üçüncü sezonunda henüz 17 yaşındayken 27 lig maçında görev aldı ve 2 gol attı. Toplamda ise 34 maçta görev alıp bu maçlarda 4 gol atmayı başardı.Galatasaray'ın UEFA Kupası'nı kazandığı yılda iskelet kadroda kendine yer bulan Emre, Süper Lig, Türkiye Kupası, UEFA Kupası ve UEFA Süper Kupası kazanan takıma büyük katkıda bulundu.Son sezonundan itibaren Avrupa'nın köklü kulüplerinin dikkatini çekmeyi başaran Emre, Galatasaray forması ile 102 lig maçında forma giydi ve 14 gol attı. Toplamda ise 144 maçta forma giyip 21 gol atmayı başardı.Galatsaraydan ayrıldıktan sonra sırasıyla İtalya'da Inter, İngiltere'de Newcastle United formalarını giydi.Yıldız oyuncu, İtalya ve İngiltere tecrübelerinin ardından bu kez Fenerbahçe ile anlaşarak Türkiye'ye döndü. Sarı-lacivertli takıma gelir gelmez 2. kaptanlığa yükselen Emre, futbolu bıraktığı ve 3 kez imza attığı takımında taraftarın sevgilisi oldu.Emre, 2010-11'de Fenerbahçe'deki ilk şampiyonluğunu yaşadı. Fenerbahçe'deki 4 sezonunun ardından Atletico Madrid'e transfer oldu.Aynı sezonun devre arasında Fenerbahçe'nin ihtiyacı olduğu düşüncesiyle eski takımına geri dönen Emre, 2013-14 sezonunda sarı-lacivertli ekipteki ikinci şampiyonluğunu yaşadı.2015-16 sezonunda Emre Başakşehir'e transfer oldu ve 104 maça çıktı.