Guti kariyerinin çoğunu Real Madrid'de geçirdi, kulüpte 542 resmî maçta oynadı ve takımın ikinci kaptanı oldu.Guti, 1986 yılında Real Madrid altyapısında futbola başladı. 1995 ile 1996 yılları arasında Real Madrid Castilla takımında oynadı ve as takıma yükseldi. 1998, 2000, 2002 yıllarında UEFA Şampiyonlar Ligi'ni kazandı ve 2003'te UEFA Süper Kupası'nı kazandı. 1997, 2001, 2003, 2007 ve 2008yıllarında olmak üzere toplamda beş kez La Liga şampiyonluğu yaşadı ve 1997, 2001, 2003 ve 2008 yıllarında olmak üzere dört kez İspanya Süper Kupası'nı kazandı. Ayrıca 1998 ve 2002'de Kıtalararası Kupa'yı kazandı. 2010'da Süper Ligekiplerinden Beşiktaş'a katıldı ve 2010-11 Türkiye Kupası'nı kazandı.Guti Hernandez, Beşiktaş formasıyla çıktığı 40 resmi maçta 12 gole imza attı.Spor Toto Süper Lig'de 23 maçta forma bulan İspanyol futbolcu, UEFA Avrupa Ligi'nde 11, Ziraat Türkiye Kupası'nda ise 6 karşılaşmada görev aldı.Beşiktaş'ta toplam 8 kez penaltı atışı kullanan Guti, geçen sezon Spor Toto Süper Lig'deki Kasımpaşa maçı hariç penaltı kaçırmadı. 2011-12 sezonunda 35 yaşındaki oyuncu serbest bırakıldı.